變壓器相間后備保護包括過電流保護、低電壓啟動的過電流保護、復合電壓啟動的過電流保護以及負序過電流保護等。

過電流保護的工作原理與線路定時限過電流保護相同，啟動電流按躲過變壓器可能出現的大負荷電流來整定。

低電壓啟動的過電流保護的啟動元件包括電流繼電器和低電壓繼電器。只有在電流元件和電壓元件同時動作后，才能啟動時間繼電器，經過預定的延時后動作于跳閘。電流繼電器的整定值按大于變壓器額定電流整定。低電壓繼電器的動作電壓按躲過正常運行時可能出現的低工作電壓和按躲過電動機自啟動的電壓整定。

復合電壓啟動的過電流保護復合電壓啟動的過電流保護由一個負序過電壓繼電器和一個低電壓繼電器構成。負序過電壓繼電器作為不對稱故障的電壓保護。而低電壓繼電器則作為三相短路故障時的電壓保護。過電流及低電壓繼電器的整定原則與低電壓啟動過電流保護相同。負序過電壓繼電器的動作電壓按躲過正常運行時的負序濾過器出現的大不平衡電壓整定。